Em 2016, o clube terminou em 7º no campeonato estadual, 7º no estadual e 8º no total.
A história do clube 🍋 nesta série remonta, entre outras coisas, ao ano de 1912, quando o clube teve como melhor resultado o primeiro lugar 🍋 na cidade, em um grupo que tinha como piores concorrentes a seleção da capital, a Seleção Americana, que disputou apenas 🍋 2 jogos e perdeu de 2 pontos, já havia vencido o segundo jogo consecutivo na classificação geral do estado, 4 🍋 do mesmo estado e5 do Estadual.
Nesta série, o clube também foi eliminado pelo São José, o Tiradentes, na semifinal, o 🍋 São José, por 2x1.
Na semifinal, o Taubaté derrotou o Tiradentes por 3x0, e por 2x0, na prorrogação, quando o São 🍋 José sagrou-se campeão e garantiu uma vaga na Copa São Paulo de Futebol de 2016.
No decorrer de 2016, o Taubaté 🍋 não participou das primeiras rodadas da Série A do Campeonato Brasileiro, o que foi determinante para o acesso em 2017, 🍋 em virtude da saída de alguns poucos jogadores.
