Em 1997, depois de sete anos na base do Santos, Fábio foi emprestado para o São Paulo, onde foi um ⚽️ dos principais jogadores do time na época.
Em 2000 marcou 12 gols e ajudou o clube a se destacar no Campeonato ⚽️ Brasileiro, também se sagrando campeão.
Em 2001, além das boas atuações, despertou o interesse do São Paulo.
No Campeonato Paulista, ele foi ⚽️ artilheiro do Campeonato Paulista (2),
o clube acabou ficando com a terceira posição.
