No ano seguinte foi campeão pelo Flamengo no Torneio Rio diante do Fluminense.
Em 2004, a equipe se sagrou campeã do 9️⃣ Campeonato Carioca e permaneceu neste mesmo ano por mais uma temporada, antes de se tornar a campeã carioca.
Em 2005, o 9️⃣ São Mateus do Gama Futebol Clube conquistou acesso para as semifinais do Campeonato Brasileiro, terminando em quarto lugar, atrás do 9️⃣ Botafogo, Botafogo, Náutico e Sport Belém do Pará.No Campeonato
Carioca, o São Mateus do Gama obteve seu primeiro título em torneio 9️⃣ no ano de 2005.
Logo após seu bicampeonato em 2006, o clube, mesmo assim, foi rebaixado para a Série B do 9️⃣ Campeonato Brasileiro.
